انتخاب موضوع پایان نامه در عین سادگی، شاید یکی از مهم ترین و سخت ترین مراحل انجام پایان نامه باشد. بیشترین دغدغه برای انتخاب موضوع پایان نامه خوب تکراری نبودن موضوع و داشتن ایده های جدید و کاربردی می باشد. انتخاب موضوع برای رشته هایی همچون پایان نامه مدیریت باید با توجه به گرایش فرد در همان مقطع انجام گردد. در بسیاری از موارد دیده شده که افراد با تلفیق متغیرها اقدام به ساخت چند موضوع پایان نامه کرده و آنها را ارائه می دهند، بدون آنکه پشتوانه علمی و تئوریک آن را در نظر بگیرند. در چنین مواردی ممکن است دانشجویان برای پیشینه تحقیق و بحث نتایج به مشکل بخورند.
یکی از موارد مهم برای انتخاب موضوع جستجو برای مقاله های بیس خوب می باشد. با داشتن مقاله های بیس جدید می توان موضوع پایان نامه مطلوبی را ارائه داد. همچنین می توان با جستجو در تزهای دکتری و کارشناسی ارشد (توصیه نمی شود)، در قسمت پیشنهادات برای پژوهش های آینده هم موضوعاتی را برای پایان نامه بدست آورد. البته در زمینه ارائه موضوع پایان نامه حتما فرد باید علاقه خود را نسبت به موضوع پایان نامه در نظر بگیرد و در حیطه هایی موضوع دهد که دوست دارد کار کند، در غیر این صورت در وسط کار ممکن است از موضوع زده شده و یا به دنبال موضوع دیگری برود.
موسسه ایستگاه دانشجو با داشتن اساتید با سابقه برای انتخاب موضوع پایان نامه و پایان نامه حسابداری به دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری مشاوره می دهد و موضوعاتی را برای دانشجویان در نظر می گیرد که با نرم افزارهای مربوطه عدم تکرار آنها گرفته شده است و برای هر دانشجو موضوع خاص خودش در سامانه ایران داک ثبت می گردد. بعد از دادن پروپوزال آماده چند موضوع از طرف موسسه، دانشجو با استاد راهنما و یا گروه مربوطه صحبت کرده و در نهایت یک موضوع برای وی تأیید می گردد که اقدام به نوشتن پروپوزال از آن موضوع نامه می کند.